Un avion de ligne américain explose en plein vol faisant 200 morts civils. L’attentat est rapidement revendiqué par le groupe terroriste Al-samaad dont on retrouve à la tête le Cheik Shaheed. L’organisation secrète américaine Alpha Protocol est alors envoyée en Arabie Saoudite afin de retrouver les missiles américains volés qui ont servi à l’attentat et tuer le Cheik Shaheed.